Hernández es autor de trece ensayos científicos sobre diversas disciplinas, ampliamente reconocidos por la Academia Nacional de la Medicina, de la cual fue fundador. Su trabajo reviste significativa importancia por su capacidad como clínico de someterse al rigor del método anatomoclínico que la escuela francesa había llevado hasta el cénit en su aplicación (como en los casos presentados por Hernández sobre tuberculosis, neumonía y fiebre amarilla), por su capacidad de manejar los recursos derivados de las técnicas complementarias de diagnóstico (los datos de la histología patológica, de la bacteriología, de la parasitología y de la fisiología) para lograr una cabal interpretación de los procesos patológicos presentes en el paciente y por su capacidad para crear hipótesis novedosas (los datos de hematimetría en los sujetos de nuestro medio, la descripción de una nueva forma de angor pectoris de origen palúdico).

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