En 1891, Hernández regresa de Europa y, en el mes de noviembre de ese año, comienza su actividad como docente en las cátedras de Histología Normal y Patológica, Fisiología Experimental y Bacteriología, de la Universidad Central de Venezuela (UCV), convirtiéndose en el fundador de ambas. Además, al concluir sus estudios de postgrado en París y Berlín, le fue delegada la responsabilidad de adquirir con recursos del estado venezolano los materiales necesarios para instalar el Laboratorio de Fisiología Experimental de Caracas, así como la adquisición de la bibliografía que fuera necesaria para la apertura de las cátedras mencionadas en la UCV.

Por otra parte, a Hernández se debe la introducción del microscopio en Venezuela, del que además enseñó su uso y manejo. También introdujo otros muchos instrumentos científicos que trajo de Francia, como atestigua su compañero, el doctor Augusto Pi Suñer.

El 14 de septiembre de 1909 es nombrado profesor de la cátedra de Anatomía Patológica Práctica, la cual funcionó anexa al Laboratorio del Hospital Vargas, y de la cual se encargó hasta la creación de la cátedra de Anatomía Patológica de la Universidad Central, con asiento en el Instituto Anatómico, y que fue regentada por el doctor Felipe Guevara Rojas, en 1911. Por otra parte, fue el fundador de la cátedra de Bacteriología, la primera de esta disciplina que se fundó en América, y la primera persona en Venezuela en publicar un trabajo de dicha disciplina (Elementos de Bacteriología, 1906).

Es considerado el impulsor y pionero de la verdadera docencia científica y pedagógica en Venezuela, basada en lecciones explicativas, con observación de los fenómenos vitales, la experimentación sistematizada, prácticas de vivisección y pruebas de laboratorio. También coloreó y cultivó microbios e hizo conocer la teoría celular de Virchow. Por otra parte, es destacada su faceta como fisiólogo y biólogo, conociendo a fondo la física, la química y las matemáticas, ciencias básicas y trípode fundamental sobre la que reposa toda la dinámica animal.

Su labor docente fue interrumpida en dos ocasiones. La primera, cuando decide hacerse religioso y entrar en el monasterio de la orden de San Bruno en La Cartuja de Farneta, a la cual llegó el 16 de julio de 1908, y de la que regresó el 21 de abril de 1909, reincorporándose en mayo de ese mismo año a sus actividades académicas en la Universidad. La segunda vez que interrumpió sus actividades docentes fue a partir del 1 de octubre de 1912, cuando el gobierno dictatorial del general Juan Vicente Gómez decreta el cierre de la Universidad, ya que esta se había situado en contra de su régimen. Sin embargo, restablece su actividad docente en enero de 1916, tras la fundación de la Escuela de Medicina Oficial, que funcionó en el Instituto Anatómico. Hubo otra corta interrupción, pero esta vez sin apartarse del ámbito académico, ya que en 1917 viaja a las ciudades de Nueva York y Madrid para realizar estudios, quedando provisionalmente a cargo de sus cátedras el doctor Domingo Luciani. Reinicia su actividad docente el 30 de enero de 1918, hasta su muerte, atropellado por un automóvil, el 29 de junio de 1919.

Fue enterrado en la Iglesia de la Virgen de la Candelaria, en la Parroquia Candelaria en Caracas. Esta iglesia fue fundada por canarios en honor a su patrona, la Virgen de Candelaria. Precisamente por los lazos históricos que existen entre las Islas Canarias y Venezuela, en este archipiélago español, existe una popular veneración por José Gregorio Hernández, devoción que se ve acrecentada por la gran colonia venezolana residente allí. Conviene recordar que el propio doctor Hernández era de origen canario por parte de madre.

 

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